Главные герои NES - версии - Cubby и Rubby, являющиеся потомками Bubby и Bobby, известных из Bubble Bobble, однако в руководстве игры говорится, что главных героев зовут - Bubby и Bobby. В общем Bubby превратился в дракона, пускающего пузыри, и отправился спасать девушку от опасных монстров. Bubble Bobble Part 2 имеет массу нестыковок в сюжете, если разобраться, авторы очень сильно намудрили с именами. Изменения касательно режима игры на 2 игрока, теперь каждый игрок проходит игру на разных уровнях, а не на одном одновременно, как было раньше.